Alt çenenin önde ya da geride olması gibi bozukluklar hastanın yaşı göz önünde bulundurularak tedavi yöntemine karar verilir. Hasta ergenlik çağında ve alt-üst çene yapısının geride olması durumu mevcut ise ortodontik tekniklerle tedavisi mümkündür. Eğer hasta yetişkin ise, iskeletsek bozukların tedavisi ortodonti ve cerrahi işbirliği ile gerçekleştirilir. İşlevsel bozukluklara bağlı olarak, örneğin; ağız solunumu yapma gibi durumlarda çene uyumsuzluğu gözlemlenebilir. Ağız solunumu yapan bir kişide çenin üst kısmı dar kalacağı için V formunda olacaktır.

Uzun süre biberon ve yalancı emzik kullanmış olma, parmak emme, tırnak yeme gibi yapılmaması gereken ve alışkanlık oluşturulmuş durumlar ortodontik bozukluklara sebebiyet verebilir. Bu alışkanlıklar mümkün olduğunca erken tedavi edilmiş olmalıdır.